с# Добавляем сертфикат в "Доверенные корневые центры сертификации"

void InstallRootCert(string certFileName)
{
    X509Certificate2 certificate = new X509Certificate2(cerFileName);
    X509Store store = new X509Store(StoreName.TrustedPublisher, StoreLocation.LocalMachine);

    store.Open(OpenFlags.ReadWrite);
    store.Add(certificate);
    store.Close();
}